Bonne référence ChemicalPete.
J'ai essayé de pousser un peu plus loin la question du drapeau pour la période 1896-1904. J'ai trouvé quelques détails intéressants.
La première chose que j'ai trouvé, c'est qu'on ne mentionne pas le Red Ensign canadien aux communes avant 1904. Un navire canadien est en effet pointé du doigt à l'étranger par un consul britannique pour avoir fait flotter le Red Ensign canadien au lieu du Union Jack.
Le droit, peu connu, pour les navires canadiens de pouvoir faire flotter le Red Ensign depuis 1892 est alors
redécouvert et deviendra par la suite une obligation.
Avant 1904, quand il est question de drapeaux aux communes, j'ai trouvé deux référence à l'usage du drapeau français (tri-color).
Dans la première référence, c'est un député qui fera flotter un drapeau français lors d'un usage officiel d'un bateau appartenant au gouvernement sur le fleuve St-Laurent.
L'autre référence nous vient d'un interview de Joseph Israël Tarte (aussi ministre des travaux publics) qui est cité en chambre:
The tri color flag is the flag of the french canadians as the green flag is the flag of the irish. In future the tri color will continue to be used in Canada in company with the irish harp, the stars and stripes and the union jack on all occasions.
Ref: dernier paragraphe de la colonne 3783, 18 avril 1900.

Enfin, le dernier truc que j'ai trouvé: en mars 1904, Henri-Bourassa demande pourquoi le Red Ensign a été remplacé sur le parlement par un Union Jack. Le ministre des travaux public de l'époque lui réponds que lors de l'achat d'un nouveau drapeau, Il est apparu que le Union Jack était le seul autorisé pour cet usage.
Il y a donc des raisons de croire qu'il y a eu un Red Ensign au sommet du parlement mais seulement durant une très courte période entre 1901 et 1904.